Tutto è possibile ma, per mia piccola esperienza, escluderei che il cambio in senso stretto (cioè alberi e ingranaggi delle marce) possa avere dei problemi.
Escluderei anche che ci sia una interferenza del pedale del cambio (perchè mal posizionato) con qualche parte della moto sul lato sinistro, perchè è facile accorgersi che non si può "salire di rapporto" perchè il pedale sbatte.
Una possibilità più realistica mi sembra quella del selettore delle marce rimontato non perfettamente.
Ho avuto modo di sostituire un paio di volte l'albero della trasmissione finale su motori Ducati e, in un caso, dopo aver richiuso i semicarter e messo l'olio motore al suo posto, la prima non voleva saperne di entrare (li però non potevo avere dubbi sulla sua esistenza

) .
Momenti di panico: si profilava lo spettro della riapertura completa del propulsore per cercare di capire quale fosse la causa del difetto.
La decisione giusta fu quella di attendere una notte per riflettere, senza agire sull'onda dell'emotività, dopo tre giorni trascorsi quasi h24 in garage.
Ebbene, ripercorrendo mentalmente le fasi del montaggio che era stato volutamente lento e impeccabile perchè tutto filasse liscio subito, arrivai alla conclusione che non poteva che trattarsi del selettore delle marce.
Per fortuna questo (tranne per il fatto dell'olio motore) era facilmente accessibile e l'indomani mattina, anche se a prima vista sembrava montato perfettamente, effettuai una minima regolazione spostandolo sulle sue asole: questo bastò perchè il cambio diventasse un orologio!
Non conosco i cinematismi della Capona (spero di conoscerli il più tardi possibile

) ma fare un controllo del genere può valere la pena (se ovviamente c'è questa possibilità di regolazione - ma può forse non esserci?).
Dato che la sesta si trova agli antipodi della prima, il selettore potrebbe essere stato smontato e poi rimontato male, regolandolo con una escursione insufficiente; mettendolo in condizione cioè di innestare soltanto le prime 5 marce.
E' tutta questione di esperienza su questo motore! Credo che un'email a Fiore sarebbe doverosa!!!